主要修订了以下几方面：一是强调科学精准，对划定的区域进行核酸检测。将第二版《指南》中的“全员”修改为“区域”，区域大小由疫情防控需要决定。二是进一步明确完成时限要求。规定了划定范围的核酸检测应当在24小时内完成。三是增设若干工作专班。根据区域核酸检测涉及的各环节、各部门，指导地方成立数据统计专班、采检匹配专班等9个工作专班，规定了专班职责。四是提供检测力量测算依据。对各地在24小时内完成核酸检测所需的采样人员数、核酸检测能力，给出了明确测算指导。五是精简检测技术性要求。结合第三版《指南》应用范围和实际操作需求，《医疗机构新型冠状病毒核酸检测工作手册（试行）》等技术文件中已有的要求，不在文中表述，而是对采样的组织、转运、检测、结果处置等管理性要求进一步突出和明确。